Σύμφωνα με τα όσα αναφέρονται στη διαθήκη του Νικολάου Ζωσιμά ιδρύονται, στην ουσία, έξη αυτόνομοι και ανεξάρτητοι φορείς (το Δημόσιο Ελληνικό Σχολείο (Ζωσιμαία Σχολή), το Κοινόν Νοσοκομείον, η Προικοδότηση φτωχών και ορφανών κορασίδων, τα βοηθήματα σε πτωχούς κ.λ.π., το Πτωχοδοχείον και τα βοηθήματα για εξαγορά ποινής φυλακισμένων για χρέη) ο κάθε ένας από τους οποίους έχει την δική του περιουσία και το δικό του «Καταστατικό». Για την περιγραφή του συνόλου των περιουσιακών στοιχείων (μετρητά, μετοχές, ακίνητα) που δημιουργήθηκαν, άμεσα ή έμμεσα, από τα κεφάλαια του Άρθρου Ε’ της διαθήκης Ν. Ζωσιμά, θα χρησιμοποιούμε από τούδε και στο εξής, χάριν συντομίας, τον όρο “διαχειριστική μερίδα της Ζωσιμαίας Σχολής”.
Στο Άρθρο 32 του Ν.Δ. της 1ης Ιουλίου 1926 ορίζεται ότι η Εκπαιδευτική Επιτροπή αποτελεί το όργανο το οποίο “μέχρι τούδε εκαλείτο «εφορεία της Γενικής Ελληνικής Σχολής»” ενώ στο Άρθρο 33 ορίζεται ότι η Εκπαιδευτική Επιτροπή εκπροσωπεί το εκπαιδευτικό ταμείο των Ζωσιμάδων. Απ’ αυτά τα δεδομένα προκύπτει ότι: α) το αυτόνομο Νομικό Πρόσωπο «Εκπαιδευτική Επιτροπή» αποτελούσε τη συνέχεια του σώματος των «4 Εφόρων της Ζωσιμαίας Σχολής» β) τα χρήματα που διαχειρίζονταν η «Εκπαιδευτική Επιτροπή» ήταν, κατά κύριο λόγο, αυτά που προέρχονταν από τους τόκους του κεφαλαίου και τα μερίσματα των μετοχών με τα οποία κληροδοτήθηκε η Ζωσιμαία Σχολή (Κεφάλαια του Άρθρου Ε’ της διαθήκης Ν. Ζωσιμά) και γ) τα περιουσιακά στοιχεία που δημιουργήθηκαν ή αποκτήθηκαν από την «Εκπαιδευτική Επιτροπή» αποτελούν, κατά συντριπτικό ποσοστό, περιουσιακό στοιχείο της “διαχειριστικής μερίδας της Ζωσιμαίας Σχολής” (τα μικρά ποσοστά συμμετοχής και άλλων διαθηκών ή δωρεών μπορούν να υπολογιστούν εύκολα).
Από τον τρόπο διατύπωσης του Α.Ν. «Περί διαχειρίσεως των περιουσιών των επί Τουρκοκρατίας τέως Χριστιανικών Κοινοτήτων της περιφερείας του Νομού Ιωαννίνων» (Φ.Ε.Κ. 153/1926), από το περιεχόμενο και τον τρόπο διατύπωσης πληθώρας διατάξεων του Κανονισμού Λειτουργίας των Αγαθοεργών Καταστημάτων και από την πρακτική που ακολουθήθηκε έκτοτε, φαίνεται ότι είχε προηγηθεί κάποια άτυπη συμφωνία μεταξύ Ελληνικού Δημοσίου και (τότε) Μητροπολίτη Ιωαννίνων Σπυρίδωνα (εξελέγη Μητροπολίτης Ιωαννίνων το 1916) για την εφαρμογή μίας διοικητικής και διαχειριστικής πολιτικής διαφορετικής απ’ αυτή που προβλέπονταν από το Άρθρο Ε’ της Διαθήκη Νικολάου Ζωσιμά, με παράλληλη όμως διατήρηση του ιδιαίτερου εκπαιδευτικού χαρακτήρα της Σχολής. Από την ανάλυση των πραγματικών δεδομένων μπορούμε να συμπεράνουμε ότι οι άξονες αυτής της άτυπης συμφωνίας ήταν οι εξής:
Με απλά λόγια έγινε μία συμφωνία μεταξύ Ελληνικού Δημοσίου και Μητροπολίτη Ιωαννίνων, πιθανώς ωφέλιμης για τις συνθήκες που επικρατούσαν εκείνη την εποχή, εξισορροπημένης – κατά το μάλλον ή ήττον – διαχειριστικά και οικονομικά, πλην όμως παράτυπης και εκτός των προβλέψεων της Διαθήκης Νικολάου Ζωσιμά. Μόνο η επίκληση των “αγαθών προθέσεων” μπορεί να οδηγήσει στον χαρακτηρισμό της αλλοίωσης των όρων της Διαθήκης ως παρατυπίας. Σε οποιαδήποτε άλλη περίπτωση, θα έπρεπε να ομιλούμε για παράνομη πράξη ριζικής αλλαγής των όρων της Διαθήκης του Νικολάου Ζωσιμά, δεδομένου μάλιστα ότι ουδέποτε εξεδόθη ανάλογη εφετειακή ή άλλη νόμιμη απόφαση τροποποίησης των όρων της Διαθήκης Νικολάου Ζωσιμά ή απαλλαγής των διαχειριστών του Κληροδοτήματος από την υποχρέωση λειτουργίας του σχολείου.
Έτσι λοιπόν με τα χρήματα της “διαχειριστικής μερίδας της Ζωσιμαίας Σχολής” (αλλά και άλλων μικρότερων «δωρεών») ανηγέρθησαν, από το 1901 έως το 1984, οχτώ (8) διδακτήρια τα οποία παρέχονται, από τότε μέχρι σήμερα, στο Δημόσιο δωρεάν για τη στέγαση 27 Δημόσιων Σχολείων με 4.700 μαθητές. Το ετήσιο τεκμαρτό ενοίκιο όλων των προαναφερθέντων σχολείων ανέρχεται (με οικονομικά στοιχεία και δεδομένα του 2006) σε 2.650.000 € περίπου. Στον πίνακα με τίτλο «ΣΧΟΛΕΙΑ ΠΟΥ ΑΝΗΓΕΡΘΗΣΑΝΜΕ ΠΟΡΟΥΣ ΤΗΣ “ΔΙΑΧΕΙΡΙΣΤΙΚΗΣ ΜΕΡΙΔΑΣ” ΤΗΣ ΖΩΣΙΜΑΙΑΣ ΣΧΟΛΗΣ» παρατίθενται λεπτομερή στοιχεία που αφορούν στα συγκεκριμένα διδακτήρια και τα οποία αποτελούν, κατά συντριπτικό ποσοστό, περιουσιακό στοιχείο της “διαχειριστικής μερίδας της Ζωσιμαίας Σχολής”
Το 1985 καταργήθηκαν τα Πρότυπα Σχολεία. Το Γυμνάσιο της Ζωσιμαίας Σχολής λειτουργούσε, μέχρι το 2011, ως Πειραματικό σχολείο και μετά το 2011 ως Πρότυπο Πειραματικό Γυμνάσιο. Το Λύκειο της Ζωσιμαίας Σχολής λειτουργεί από το 1985 μέχρι σήμερα ως Λυκείο Γενικής Κατεύθυνσης.
Με την κατάργηση της Προτύπου Ζωσιμαίας Σχολής και την ποιοτική υποβάθμιση του σχολείου διαμορφώθηκε μία κατάσταση που αδικεί κατάφορα τη Ζωσιμαία Σχολή, βρίσκεται σε πλήρη δυσαρμονία με την προσφορά του σχολείου στη εθνική παιδεία και προσβάλει την μνήμη των Εθνικών μας Ευεργετών.
Η μονομερής αυτή απόφαση της πολιτείας με την οποία καταργήθηκε η Πρότυπος Ζωσιμαία Σχολή και διεκόπη, βίαια, η λειτουργία της ως σχολείου παροχής παιδείας υψηλού επιπέδου, ενείχε θέση μονομερούς καταγγελίας, από το Ελληνικό Δημόσιο, της άτυπης συμφωνίας του 1926.
Τα δύο μέρη που είχαν επωμισθεί την υποχρέωση και την ευθύνη λειτουργίας της Σχολής, δηλαδή το Ελληνικό Δημόσιο και τα Αγαθοεργά Καταστήματα Ιωαννίνων, θεώρησαν ότι εξαντλούν το ηθικό χρέος απόδοσης τιμής στη μνήμη των Εθνικών μας Ευεργετών με το να διατηρήσουν το όνομα ΖΩΣΙΜΑΙΑ ΣΧΟΛΗ σε ένα Γυμνάσιο και σε ένα Λύκειο της πόλης που, εκπαιδευτικά, δεν διαθέτουν κανένα από τα στοιχεία του Ιστορικού Σχολείου και διαχειριστικά είναι τελείως ξεκομμένα από την Κληροδότημα Νικολάου Ζωσιμά.
Μετά την κατάργηση του θεσμού των Προτύπων Σχολείων, τα Αγαθοεργά Καταστήματα Ιωαννίνων, υπό την ιδιότητα τους ως διαχειριστές της Διαθήκης Νικολάου Ζωσιμά και ως θεματοφύλακες της βούλησης του διαθέτη και της εκπαιδευτικής παράδοσης της Ζωσιμαίας Σχολής, θα μπορούσαν να είχαν αντιδράσει απαιτώντας από το Ελληνική Πολιτεία:
Όμως δεν συνέβη τίποτε απ’ αυτά και έκτοτε το Ελληνικό Δημόσιο εκμεταλλεύεται άνευ ανταλλάγματος τα οχτώ (8) διαδακτήρια που ανηγέρθησαν με χρήματα που ανήκαν στη «Μερίδα της Ζωσιμαίας Σχολής» (τεκμαρτό ενοίκιο περίπου 2.500.000 € ετησίως) και τα Αγαθοεργά Καταστήματα Ιωαννίνων αναλώνουν τα έσοδα από τις μετοχές που ανήκουν στη Ζωσιμαία Σχολή (545.000 περίπου μετοχές της Εθνικής Τραπέζης και 4.900 περίπου μετοχές της Τραπέζης Ελλάδος) για σκοπούς, διαφορετικούς απ’ αυτούς που ορίζονται στο άρθρο Ε’ της Διαθήκης Νικολάου Ζωσιμά.